La dénomination de Hoenheim apparaît pour la première fois dans un document de 742. On trouve " Heinheim " en 804, puis "Hohenheim" ou "Hohanheim" en 884 et enfin "Honheimsveldt" en 1144. Dès le 14ème siècle, on trouve régulièrement le nom de Hoenheim.

En 1457, Jean d'Uttenheim de Ramstein devint le seigneur de Hoenheim. A la mort de Frédéric Bernard d'Uttenheim, en 1676, les chanoines du grand chapitre de Strasbourg, et les Rathsamhausen se disputèrent la succession du fief de Hoenheim. En 1681, les Rathsamhausen, une des plus anciennes et des plus nobles dynasties de notre province, furent investis de l'autorité souveraine du village.

"D'or aux trois corbeaux de sable posés deux et un". Telle est la description dans l'Armorial de la Généralité d'Alsace, du blason de la commune de Hoenheim.
Les trois corbeaux noirs sur fond or proviennent de la légende du moine Benoît de Nursie, père de la règle monastique des bénédictins. Saint Benoît vécut retiré dans une grotte inhospitalière et partagea sa nourriture d'ermite avec un corbeau qui venait chaque jour lui rendre visite.

La chapelle Saint-Jean, située à côté de l'hôtel de ville, est une figure emblématique de notre commune mais demeure un mystère. De style gothique tardif, cette chapelle a été construite au centre du village. La tour carrée à trois étages, dont des indices de la partie inférieure la situe au XIIème siècle, abrite le chœur qui, selon les usages, est orienté vers l'est.

La première paroisse de Hoenheim fut érigée en 1878. En 1793, le " Gloeckel ", surnom donné par les Hoenheimois à leur chère chapelle, fut victime des troubles de la Révolution.
La chapelle Saint Jean a été restaurée en 1938-39 puis confiée aux bons soins de la communauté protestante de Hoenheim qui en fit son lieu de culte.

En 1789, Hoenheim devint une municipalité avec un maire, un adjoint et cinq conseillers municipaux. Après la Révolution française, les biens du clergé furent réquisitionnés par la commune dont le premier magistrat fut Jean Schladenhauffen.